Nach Abschluss ihres Studiums führte Margje de Koning 12 Jahre lang Regie bei Dokumentarfilmen für unterschiedliche Rundfunkanstalten. Im Jahr 2004 begann sie als Teilzeit-Dozentin im Studiengang Kultur & Medien im Bereich Film & Fernsehen an der Universität Amsterdam zu arbeiten.
Im August 2004 wurde sie zudem Commissioning Editor für einen Dokumentarfilmbereich von 52' docs. In diesem Rahmen produzierte und coproduzierte sie kreative 52'-Dokumentarfilme über zeitgenössische soziale, soziokulturelle und moralische Themen mit einem starken Human-Interest-Ansatz.
Seit Januar 2005 war Margje de Koning für die Fernsehabteilung von IKON verantwortlich und seit Januar 2012 war sie Leiterin der Abteilung Fernsehen, Radio und Neue Medien bei IKON.
Seit Januar 2016 ist die Dokumentarfilmabteilung von IKON in EO integriert, mit Margje de Koning als Commissioning Editor Documentaries für EO & IKONdocs.
Seit September 2019 ist Margje de Koning die künstlerische Leiterin des Filmfestivals Movies that Matter.